В таблице Флойда оба куска уже посчитаны, так что ответ — это одна строка.
W[1][X] + W[X][100] и всё.
Форд–Беллман тут проиграет: пришлось бы запускать его дважды, причём второй раз по перевёрнутым рёбрам, чтобы получить расстояния до сотни.
Если путь лежит в обход вершины X
Вершину надо выкинуть из графа вместе со всеми её рёбрами — и входящими, и выходящими. В таблице это одна проверка при чтении файла: не заносим ребро, если оно касается X.
Если X не лежала на кратчайшем пути, ответ не изменится. Это нормально и часто бывает.