Наилучший балл — это максимальное значение, полученное в результате выравнивания двух последовательностей. Это значение отражает наилучшее соответствие между последовательностями с учетом заданных параметров (например, баллы за совпадения, несовпадения и штрафы за гепы).
Наилучший балл будет первым в списке, если использовать
globalms или
globalxx, который учитывает все параметры оценки:
from Bio import pairwise2
from Bio.pairwise2 import format_alignment
# Последовательности
seq1 = "GATTACA"
seq2 = "GCATGCU"
# Глобальное выравнивание
alignments = pairwise2.align.globalms(seq1, seq2, match=2, mismatch=-1, open=-2, extend=-1)
# Наилучший балл
best_score = alignments[0].score
print("Наилучший балл:", best_score)