Наилучший балл — это максимальное значение, полученное в результате выравнивания двух последовательностей. Это значение отражает наилучшее соответствие между последовательностями с учетом заданных параметров (например, баллы за совпадения, несовпадения и штрафы за гепы).
Наилучший балл будет первым в списке, который учитывает все параметры оценки:
from Bio.Align import PairwiseAligner
# Последовательности
seq1 = "GATTACA"
seq2 = "GCATGCU"
# Глобальное выравнивание
aligner = PairwiseAligner()
aligner.mode = 'global' # Устанавливаем режим глобального выравнивания
# Шаг 3. Глобальное выравнивание
alignments = aligner.align(seq1, seq2)
# Наилучший балл
best_score = alignments[0].score
print("Наилучший балл:", best_score)