Если в файле есть символы, не входящие в "стандартный" набор (символы с кодом не более 127), , то необходимо при открытии указывать кодировку файла. Стандартной для Python является кодировка "utf-8", но возможно использование и других кодировок
file = open("input.txt", "r", encoding="utf-8")